〇松本線（南木曽～伊那辰野）

この系統では終日、名古屋方面または豊橋方面との直通列車を中心に運転しています。

直通列車は特急のほか、名古屋方面からは急行と快速急行、豊橋方面からは急行がそれぞれ直通します。

また日中を中心に上松町～中央松本間の区間急行を運転しているほか、朝夕には中央松本～南木曽間の各駅停車も運転されます。

大幅なダイヤ乱れが発生した際には南木曽で系統分割し、豊橋・名古屋・松本方面にそれぞれ折り返し運転となります。

〇南信濃・黒部南線

この系統は松本線の松本空港から分岐し、黒部口扇沢までの区間です。

主に全区間通しの各駅停車と安曇野までの各駅停車が交互に運転され、安曇野まではラッシュ時20分間隔、日中30分間隔で、黒部口扇沢までは終日およそ1時間間隔で運転されます。

少数ながら特急列車の運転があり、名古屋から新島々へ直通する特急上高地が松本空港～松本間に2往復、ＪＲから直通する特急あずさが松本～黒部口扇沢間に1往復設定されています。

また、アルペンルートへのアクセス輸送も担っており繁忙期には臨時特急が運転されます。

[2022年3月12日実施]

〇諏訪線

この系統は松本線のみどり湖から分岐し、諏訪湖までの区間です。

基本的には線内折り返しの普通列車が終日運転されます。松本線へ直通する普通列車も朝夕に運転され、松本への通勤通学輸送および松本車両管区への出入庫を兼ねています。

特急列車は名古屋からの「すわ」が数往復運転されています。当路線は単線で車両の留置箇所も多くない為、特急列車の折り返しは普通列車として運転される場合があり、時刻表にも記載があります。

沿線での花火イベント開催日には臨時ダイヤが施行され(当社では最大規模の臨時ダイヤです)各方面からの直通列車が設定されます。

[2022年3月12日実施]